Hội sinh viên trường là đơn vị trực thuộc Hội Sinh viên Thành phố Cần Thơ, hiện có hơn 17 nghìn Hội viên (năm 2011) sinh hoạt tại các Liên Chi hội Sinh viên, Câu lạc bộ, Đội nhóm trực thuộc. Có một điểm đặc biệt trong cơ cấu tổ chức Hội Sinh viên tại Đại học Cần Thơ là mô hình các Liên Chi hội Sinh viên theo 13 tỉnh thành khu vực Đồng bằng sông Cửu Long, gồm có:
1. Liên Chi hội Sinh viên Long An
2. Liên Chi hội Sinh viên Tiền Giang
3. Liên Chi hội Sinh viên Đồng Tháp
4. Liên Chi hội Sinh viên Bến Tre
5. Liên Chi hội Sinh viên Vĩnh Long
6. Liên Chi hội Sinh viên Trà Vinh
7. Liên Chi hội Sinh viên An Giang
8. Liên Chi hội Sinh viên Cần Thơ
9. Liên Chi hội Sinh viên Hậu Giang
10. Liên Chi hội Sinh viên Sóc Trăng
11. Liên Chi hội Sinh viên Bạc Liêu
12. Liên Chi hội Sinh viên Cà Mau
13. Liên Chi hội Sinh viên Kiên Giang
Các Câu lạc bộ, đội nhóm trực thuộc: 1. Đội Công tác xã hội
2. Câu lạc bộ Bốn phương
3. Câu lạc bộ Hiến máu tình nguyện
4. Câu lạc bộ Môi trường
5. Câu lạc bộ Văn hóa nghệ thuật
6. Câu lạc bộ Guitar
7. Câu lạc bộ Sinh viên khuyết tật
Liên Chi hội Sinh viên Đồng Tháp là đơn vị trực thuộc Hội sinh viên Trường Đại học Cần Thơ, hiện có gần 2 nghìn Hội viên - Sinh viên (năm 2012) sinh hoạt tại các Chi hội Sinh viên trực thuộc. Liên Chi hội Sinh viên Đồng Tháp có 10 Chi hội Sinh viên trực thuộc, bao gồm:
1. Chi hội Sinh viên Cao Lãnh
2. Chi hội Sinh viên Châu - Sa
3. Chi hội Sinh viên Lai Vung
4. Chi hội Sinh viên Lấp Vò
5. Chi hội Sinh viên Hồng Ngự
6. Chi hội Sinh viên Tam Nông
7. Chi hội Sinh viên Tân Hồng
8. Chi hội Sinh viên Thanh Bình
9. Chi hội Sinh viên Tháp Mười
10. Chi hội Sinh viên Thành phố Cao Lãnh